首先，适用的面积不一样。如果面积大于500㎡，建议选用传统的洁净室工程，如果在100-500㎡之间，洁净室（无尘室）最合适。如果是100㎡以下，选择洁净室和洁净棚都可以。洁净工程一般单独使用，洁净室可单独使用，也可配合建造在大的生产车间里。洁净棚则一般是配合大的洁净室内使用，以满足局部高洁净度的要求。

其次，从造价成本上看，洁净棚是相对比较便宜的。洁净棚框架简单，一般采用工业铝材（或不锈钢方通、铁方通喷塑），四周用防静电挂帘或栅帘。洁净棚没有独立的空调送风系统，风机滤网机组FFU也不会过多，一般没有单独的初中效过滤器，如果不配合大的洁净室使用，高效过滤器使用寿命会大大降低，无形中增加成本。

第三，施工周期不同。洁净室工程需要时间较长，洁净室一般需要3-5天，现场不用切割加工，不影响生产，也不产生施工垃圾。洁净棚因结构简单，施工周期同样很短。

第四，从材料的重复利用率来看，洁净室材料的重复利用率高，改造时，除了密封胶以及一些易损易耗品需要更换外，其他材料均可重复利用。

第五，从通透性、美观度来看，洁净室四周采用大幅中空玻璃视窗，视觉比传统洁净室工程更加通透明亮，材质和表面处理更精细，外观现代简约大方。